Quân Đại Nam dù đông nhưng không hoàn toàn chiếm ưu thế nếu dàn trận tấn công trực diện trên đất trống, không có công sụ hỗ trợ. Đánh du kích lúc này cũng quá muộn vì quân Pháp đang tìm cách rút lui lên chiến thuyền, họ không có thời gian cù nhây với quân Đại Nam chô nên du kích chiến là không có không gian để thực hiện.

Các chiến hạm Pháp vẫn đang lăm le ngoài bến sông để có thể nổ súng yển trợ bất kỳ lúc nào, quân Trương Định hoàn toàn không dám tiến lại gần hơn bãi Bình. Tất nhiên Trương Định cũng cho cấp tốc điều pháo binh Gribeauval 4 pound đến vị trí này những mong có thể tiến hành tiến công vào điểm phòng ngự của quân Pháp từ khoảng cách an toàn. Nhưng cái thời này pháo kéo di chuyển là rất chậm. Con đường tiến về bãi bình còn bị pháo của Đại Nam cày lên một lượt nữa rồi nên đến khi vận chuyển được các thớt đại bác Gribeauval 4 pound đến bờ sông thì đã muộn. Quân Đại Nam đành phải chơ mắt mà nhìn 400 quân Pháp thoát đi bằng tàu vận binh. Mặc dù chiến thắng lần này có hơi không trọn vẹn nhưng Đại Nam quân cũng rất hồ hởi vui mừng. Đây gần như là một trận đánh công phòng chiến tay đôi, và phần thắng là quân Đại Nam.

Tình hình lúc này đây tại Trấn Biên Thành lại trầm mặc không thôi, nơi này xem ra lại không giống như đang có chiến tranh chút nào.

16h 30, Quân Pháp sau khi vượt qua Bưu Tân thì đã theo đường lớn trống trái chạy thẳng một mạch tới Trấn Biên thành. Cái con đường từ Bưu Tân đến Trấn biên quả thật to lớn bằng phẳng, hai bên lại là ruộng lúa bát ngát, rất có ít cây cối. Chính vì lý do chán nản này mà quân Đại Nam chẳng thể tôt chức đánh Du kích cho được. Không có cách nào khác Hoàng Diệu đành lùa phan nửa dân ra khỏi thành, còn phân nửa còn lại là những thành niên và những người có chút tự vệ được thì ông cho dồn hết vào Khu thành Tây.

Hoàng Diệu dọn trống trơn ba khu Đông, Nam, Bắc chuẩn bị cho một trận chiến tranh du kích đô thị chiến. Các tay súng được bố trí ngụy trang trong các nhà dân, công sự tạm thời khá dày đặc bên trong thành. Lúc này đây số quân trong tay của Hoàng Diệu cực nhiều. Tổng số quân bản địa Nam kỳ có đến bốn vạn. Ông lại mang đến một vạn năm ngàn tân kinh quân. Nhưng số quân thực tế Hoàng Diệu sử dụng thủ thành Trấn Biên chỉ có bốn ngàn người mà thôi. Đây chính là bốn ngàn tay súng và hơn hai trăm pháo thủ của 32 thanh đại bác Gribeauval 4 pound.

Nhưng cho dù là bố trí đánh du kích trong thành nhưng Hoàng Diệu không hề bỏ qua việc thủ thành. Không đến bước đường cùng thì Hoàng Diệu cũng không muốn chiến trường là khu nội đô. Nếu điều này sảy đến thì thiệt hại cho bà con trong Trấn Biên thành là rất lớn.

Một nhóm 500 binh sĩ Đại Nam được Hoàng Diệu bố trí bên trong những rừng cây thưa phía ngoài cửa Đông. Đây là hướng đến của nhóm quân từ Bình Đa huyện nơi Trương Định cố thủ. Phía thành Nam là nơi quân Pháp đang tụ tập và xây đắp công sự tạm thời lúc này. Cổng Nam thành Trấn Biên quả thật quá trống trải, không hề có được những vị trí thuận lợi cho việc đánh tập kính, hay du kích. Tại đây Hoàng Diệu đã cho vận mười khẩu pháo Gribeauval 4 pound lên đầu thành để cố thủ. Ngoài đại bác kiểu mới của Pháp thì ông cho bố trí hoàn toàn là các lô cốt đơn giản trên đầu thành rộng 3m này.

Nói đến lô cốt thì có lẽ thời này đã có khái niệm, nó là phiên âm của chữ Blockhouse. Lô cốt được xây dựng kiên cố bằng gạch, đá, bê tông... và có lỗ châu mai để bắn ra nhiều phía, có nắp và có nơi nghỉ ngơi cho quân sĩ. Lô cốt có thể được xây dựng nổi, nửa nổi nửa chìm hoặc lợi dụng sườn núi làm chìm hẳn. Nhưng đấy chỉ là những khái niệm chung mà thôi. Thời này lô cốt cược xây dựng tại các nước Châu Âu quả thật là những công trình to lớn, chắc chắn, bền vững và dĩ nhiên là tốn kém. Nhưng Hoàng Diệu lại tự nghĩ ra được lo cốt dã chiến của ông theo suy nghĩ của riêng ông. Hoàng Diệu cho bố trí nhiều các lô cốt cỡ siêu nhỏ trên mặt tường thành. Cấu tạo gồm các thanh gỗ chắc dựng thành hộm vuông sau đó chất bao tải cát lên mái cũng như phía trước để can đạn, pháo. Các lỗ châu mai thực tế là các khe hẹp của bao cát trên. Chiếc lô cốt đơn sơ này thực tế là biến thể của hầm cá nhân trong chiến hào. Chúng tuy rằng không mấy chắc chắn trước Đại bác cỡ lớn như M185 12 pound. Nhưng để phòng thủ đại bác nhỏ cũng như súng đạn thì quá tốt. Thêm vào đó những chiếc lô cốt này giá thành xây dựng quá rẻ, thời gian cực nhanh. Quan trọng là chúng có tính dã chiến cao, hoàn toàn có tính tháo rỡ và di dời.

Nhân viên và binh sĩ được ngồi trong lo cốt dĩ nhiên là tinh thần tốt hơn rất nhiều, tuy rằng hiệu quả của chúng vẫn còn xem xét.

Quân Pháp đến tới chân thành Nam của Trấn Biên thành thì không hề vội vã tấn công. Chúng tập trung bố trí doanh dịa và phòng thủ khá nghiêm ngặt. Sở dĩ theo như theo thói quen công kích thì Quân Pháp sẽ pháo kích dồn dập vào thành Trấn Biên tạo hiệu quả trấn nhiếp. Nhưng lúc này đây Đại tá Daniel một tên theo trường phái thận trọng không đi làm việc vô ích này. Dưới anh chiều chạng vạng hắn vẫn có thể quan sát được trên đầu tường có các khẩu pháo Gribeauval 4 pound, nói đùa gì chứ tầm xa của Gribeauval chỉ vào khoảng 1200m nhưng nếu đặt tại thành cao 4m như trên thì rất có thể tầm xa sẽ đạt được 1500m. Đến lúc đó thì đại bác Napoleon III hoàn toàn không có ưu thế là bao về mặt khoảng cách tấn công. Thêm vào đó nếu dùng Đại bác Napoleon III trong khoảng cách trên thì sự thật là dộ chính xác quá kém, chỉ có thể lấy số lượng đạn thật nhiều để đổi thành cơ hội trúng mục tiêu. Nhưng trong trận chiến trước đó tại đồi đất Bưu Long thì đạn dược của pháo binh đã không còn nhiều. Chính vì lý do trên Daniel cho quân đội được nghỉ ngơi và bố trí doanh địa. Đồng thời hắn cử binh đi liên lạc nhóm quân thứ 2 tiến đánh Trấn Biên cũng như cử quân về bến Bưu xin tăng viện trọng pháo 24 pound và đạn dược.

Ngay trong đêm Daniel nhận được tin báo cánh quân bên cánh phải của mình đã bại trận hoàn toàn và buộc phải rút lui chiến hạm. Thiếu tướng Louis yêu cầu Daniel lập tức rút lui khỏi Trấn Biên thành. Vị đại trá trẻ tuổi Danien chỉ biết vỗ bàn chửi một tiếng “ Merd” rồi ba chân bốn cẳng cho tất cả quân lính bất ngờ chạy trốn trong đêm. Hắn để lại tất cả các trang thiết bị nặng như Đại Bác, đạn đại bác cùng nhiều vật tư chiến lược khác.

Daniel quyết đoán quả là không sai lầm một chút nào, vì lúc này Hoàng Diệu cũng nhận được tin thắng trận của Trượng Định. Ông ra lệnh cho Trương Định không cần phải về cứu viện Trấn Biên mà ngay lập tức vượt rừng tiến về bến Bưu và phong tỏa đường lui của bến sông này. Nhưng kế hoạch của Hoàng Diệu chung quy hơi chậm một chút, quân Pháp đã an toàn thoát đi hơn một ngàn quân, quả thật là đáng tiếc.

Cuối cùng trận va chạm Trấn Biên cũng qua đi với kết quả phần có lợi hơi nghiêng về quân Đại Nam. Về thương vong thì Đại Nam cũng không nhỏ con số, có tới 273 chiến sĩ thiệt mạng cùng cả trăm chiến sĩ bị thương, dĩ nhiên quân Pháp thiệt hại nhiều hơn về sinh mạng, họ có tói hơn bốn trăm người chết và số người bị thương là nhiều vô cùng. Một số người bị thương mà không chạy được tại Bình Tân đã bị bắt làm từ binh. Nhưng nếu so sánh về mặt chiến lợi phẩm thì quân Đại Nam hoàn toàn chiếm ưu thế. Họ thu được 5 nòng pháo nguyên vẹn từ Bình Tân cộng thêm 120 quả đạn 12 pound các loại từ khu vực này. Bên ngoài thành Trấn Biên quân Pháp bỏ chạy triệt để trong bí mật nên họ không thể phá hủy đại bác bằng thuốc nổ. Chỉ có thể phá hủy bằng dụng cụ tay chân, nên 5 khẩu đại bác Napoleon II nơi này vẫn có khả năng phục hồi nhất định. Nhưng đạn pháo nơi này đã bị phá hủy toàn bộ, quân Đại Nam không thu dược đạn đại bác 12 pound nơi đây.

Kể từ lúc này quân Pháp cũng đã thể nghiệm được sự lợi hại của Quân Đại Nam nên chúng dè chừng hơn rất nhiều trong việc tấn công Trấn Biên cũng như Bà Rịa. Nhưng đấy chỉ là trên bộ tình hình mà thôi. Với chiến hạm hiện đại và đại bác tân tiến thì đường thủy và hải phận vẫn bị quân Pháp phong tỏa hoàn toàn. Chiến trận Nam kỳ rơi vào thời kỳ dằng co, lúc này đây chiến tranh du kích của Đại Nam phát huy hiệu quả vô cùng.

Những toán binh nhỏ với ngụy trang tuyệt vời luôn lúc ẩn lúc hiện bên bờ sông. Quân pháp trên thuyền đi tuần tra hoàn toàn không dám lơ là bên mạn tàu vì rất có thẻ họ sẽ bị bắn tung não bất kỳ lúc nào. Sau trận chiến người Đại Nam đã thu được rất nhiều súng trường của quân Pháp với tầm xa 400m. Vậy ra các tiểu chiến hạm tuần tiễu trên sông Đồng Nại nếu chạy gần bờ bắc thì rất dễ bị tấn công bởi các nhóm di kích Đại Nam. Nói là tuần tiễu bằng chiến hạm nhưng lúc này quân Pháp không dám nghênh ngang đứng trên mạn thuyền, họ đành phải co rúc trong các công sựu che chắn trên Boong.

Mà uy hiếp không chỉ ở trên bờ không thôi như vậy, những chiếc ghe nhỏ chạy lững lờ trên sông cũng rất không an tàn với quân Pháp. Nhìn chúng dường như thực sự vô hại, nhưng nếu như không đề phòng thì bất kì lúc nào cũng có thể xuất hiện các tay bắn tỉa nấp trong các đám vải bạt, rơm lúa, thậm trí la hoa quả trên ghe tiến hành hạ sát quân pháp rồi nhảy xuống sông chạy trốn.

Tình hình còn phức tạp gấp một vạn lần khi các nhóm nhỏ quân Đại Nam tih nhuệ với trang bị hiện đại xâm nhập bí mật qua sông Đồng Nại và tiếp nhập vùng ngoại ô Gia Định, Chợ Lớn. Tại đây họ tiến hành ẩn ấp trong dân, trong rừng trong kênh rạch và bất ngời hiện ra tấn công quân Pháp. Vì có súng nên chiến binh Đại Nam không cần phải tiếp cận chém giết. Họ hoàn toàn có thể hạ sát quân Pháp từ rất xa. Ngày qua ngày, giờ qua giờ Louis thiếu tướng luôn bị hành hạ bởi tin tức nơi này nơi kia binh sĩ Pháp bị ám sát. Nói chung tình thế trở nên vô cùng bị động cho đội quân thực dân viễn trinh này. Đơn giản với binh lực của Pháp không thể càn quét trên diện rộng. Thêm vào đó họ không tìm thấy quân chủ lực của Đại nam tại ngoại ô Gia Định cũng như chợ lớn.

Chỉ sau một tháng tiến hành du kích chiến thì quân Pháp đã phải co rút lại trong các đồn bốt lớn, cũng như chui rúc trong thành Gia Định. Họ đã mất hoàn toàn kiểm soát vùng ngoại ô. Chỉ trong một tháng mà quân pháp báo cáo về tổng tham mưu con số binh sĩ bị tấn công và hạ sát lên đến 400 người. Đây còn nhiều ngang ngửa trận thua tại Trấn Biên thành. Trong khi đó báo cáo về sự tiêu diệt các “ Anamit fantômes “ ( Bóng ma A nam) thì lại thưa thớt vô cùng.

Đầu tháng 9 năm 1861, Tin vui thắng trận đã về kinh thành Huế, vua tôi một mảng vui vẻ không thôi. Việc khống chế lại ngoại ô Gia Định cũng như Chợ Lớn lại càng làm cho Tự Đức vui vẻ, vị vua này có bệnh tâm lý khá nặng là trầm kha và hơi khép mình, hay nói cách khác là bị bệnh tự kỉ. Tuy bệnh không nặng nhưng nếu rơi bào tình thế khó khăn thì dễ sinh ra suy nghĩ tiêu cực. Chính vì thế tin thắng trận ở Nam Kỳ chính là thuốc tiên cho Tự Đức.

Không những triều đình vui mừng, vì quân dân Nam kỳ cũng đang hanh phúc không kém. Hoàng Diệu cười tươi như hoa, vị tướng trẻ đầy nghiêm túc không ngờ có thể nở nụ cười sảng khoái như vậy. Thì ra quân dân Nam Kỳ đã nhận được lô vũ khí mới của Huế gửi đến. 500 khẩu súng trường madein Đại Nam. 600 thanh thuốc nổ Dynamite cùng các chuyên gia sử dụng. Cùng một lượng lớn thuốc súng đen. Đây chính là những gì mà quân dân Nam Kỳ cần nhất trong lúc này. Hoàng Diệu không thể không cười lớn mà vỗ bàn trong hội nghị các tướng sĩ Nam Kỳ:

- Bữa ni, bon bây sẽ chết dưới tay tau…

Đây là câu nói vui của Hoàng Diệu soái tướng.